Knihovny napsané v Nextflow u

rnaseq

Potrubí pro analýzu sekvenování RNA pomocí STAR, RSEM, HISAT2 nebo Salmon s počty genů/izoforem a rozsáhlou kontrolou kvality.
  • 646
  • MIT

patterns

Kurátorovaná sbírka implementačních vzorů Nextflow (od nextflow-io).
  • 281
  • MIT

sarek

Analytický kanál pro detekci zárodečných nebo somatických variant (předzpracování, volání variant a anotace) z WGS / cílené sekvenování.
  • 256
  • MIT

chipseq

ChIP-seq peak-calling, QC a potrubí diferenciální analýzy..
  • 149
  • MIT

atacseq

Potrubí ATAC-seq pro analýzu špiček a QC.
  • 142
  • MIT

mag

Sestavení a sdružování metagenomů.
  • 134
  • MIT

eager

Plně reprodukovatelný a nejmodernější kanál pro analýzu starověké DNA.
  • 96
  • MIT

configs

Konfigurační soubory používané k definování parametrů specifických pro výpočetní prostředí v různých institucích (podle nf-core).
  • 71
  • MIT

rnaseq-nf

Důkaz konceptu potrubí RNAseq.
  • 53
  • Mozilla Public License 2.0

rare-disease-wf

(WIP) osvědčené postupy pro vzácná onemocnění.
  • 51
  • MIT

hlatyping

Přesné typování HLA ze sekvenačních dat nové generace.
  • 45
  • MIT

rnatoy

Důkaz koncepce RNA-Seq potrubí s Nextflow.
  • 28

GATK

Zárodečná varianta volání Nextflow Pipeline na základě osvědčených postupů GATK4.
  • 11